11月06, 2018

nvidia-docker2在kubernetes上实践

现在公司线上所有的k8s集群对GPU资源的使用都是nvidia-docker 1.0(历史遗留问题)。但是现在的kubernetes1.9推荐使用device plugin的方式来对接外部厂商的资源。这样所有的厂商资源就不要kubernetes去特定的支持,而是各服务厂商只要按照kubernetes提供的device plugin实现自己的一套就可以了。今天就针对nvidia-docker2.0 进行了下测试。在此做下记录。

实验环境

  • CentOS Linux release 7.2.1511 (Core)
  • kuberntes: 1.9
  • GPU: nvidia-tesla-k80

Installation (version 2.0)

直接参照官方的安装教程:Installation (version 2.0))

在安装nvidia-docker 2.0需要做一些准备的工作,要求如下:

  • GNU/Linux x86_64 with kernel version > 3.10
  • Docker >= 1.12
  • NVIDIA GPU with Architecture > Fermi (2.1)
  • NVIDIA drivers~= 361.93 (untested on older versions)

Your driver version might limit your CUDA capabilities (see CUDA requirements)

简单的描述下安装的过程:

CentOS 7 (docker-ce), RHEL 7.4/7.5 (docker-ce), Amazon Linux 1/2

# If you have nvidia-docker 1.0 installed: we need to remove it and all existing GPU containers
docker volume ls -q -f driver=nvidia-docker | xargs -r -I{} -n1 docker ps -q -a -f volume={} | xargs -r docker rm -f
sudo yum remove nvidia-docker

# Add the package repositories
distribution=$(. /etc/os-release;echo $ID$VERSION_ID)
curl -s -L https://nvidia.github.io/nvidia-docker/$distribution/nvidia-docker.repo | \
  sudo tee /etc/yum.repos.d/nvidia-docker.repo

# Install nvidia-docker2 and reload the Docker daemon configuration
sudo yum install -y nvidia-docker2
sudo pkill -SIGHUP dockerd

# Test nvidia-smi with the latest official CUDA image
docker run --runtime=nvidia --rm nvidia/cuda:9.0-base nvidia-smi

nvidia-docker 2.0安装完成之后,需要配置docker的runtime为nvidia-container-runtime。具体的内容如下:

{
    "default-runtime":"nvidia",
    "runtimes": {
        "nvidia": {
          "path": "/usr/bin/nvidia-container-runtime",
          "runtimeArgs": []
        }
    },
}

重新启动docker服务:

systemctl restart docker

注意:

If you have a custom /etc/docker/daemon.json, the nvidia-docker2 package might override it.

GPU on kubernetes

简述的描述下现在kubernetes对GPU的支持情况。kubernetes在1.6版本就开始对nvidia GPU的支持,并且仍然在不断的优化改进中。kubernetes对AMD GPU的支持是在1.9版本才支持。但是现在kubernetes仍然还没有支持多容器使用同一块GPU卡的情况。这样就会照成GPU资源的浪费。

kubernetes 官方文档描述:

Each container can request one or more GPUs. It is not possible to request a fraction of a GPU.

nvidia-docker2.0 已经安装完成了,继续,下来就是如果在kubernetes上使用了。kubernetes要调度GPU 有这么几点要求:

  • 开启kubernetes对GPU的支持。(在1.10之前需要指定--feature-gates="DevicePlugins=true"。1.10之后就不需要在指定了)。
  • 在kubernetes计算节点安装GPU driversdevice plugin

Device Plugins进行下简单的描述:

从kuberntes 1.8版本开始提供一套device plugin framework来为服务厂商接入它们自己的资源(GPUs, High-performance NICs, FPGAs)。而不需要更改kubernetes的源码。

现在我们只关心Nvidia-GPU,让我们来部署GPU device plugin, 具体的部署流程流程如下:

nvidia-docker-plugin.yml

apiVersion: extensions/v1beta1
kind: DaemonSet
metadata:
  name: nvidia-device-plugin-daemonset
  namespace: kube-system
spec:
  template:
    metadata:
      # Mark this pod as a critical add-on; when enabled, the critical add-on scheduler
      # reserves resources for critical add-on pods so that they can be rescheduled after
      # a failure.  This annotation works in tandem with the toleration below.
      annotations:
        scheduler.alpha.kubernetes.io/critical-pod: ""
      labels:
        name: nvidia-device-plugin-ds
    spec:
      tolerations:
      # Allow this pod to be rescheduled while the node is in "critical add-ons only" mode.
      # This, along with the annotation above marks this pod as a critical add-on.
      - key: CriticalAddonsOnly
        operator: Exists
      containers:
      - image: nvidia/k8s-device-plugin:1.9
        name: nvidia-device-plugin-ctr
        securityContext:
          allowPrivilegeEscalation: false
          capabilities:
            drop: ["ALL"]
        volumeMounts:
          - name: device-plugin
            mountPath: /var/lib/kubelet/device-plugins
      volumes:
        - name: device-plugin
          hostPath:
            path: /var/lib/kubelet/device-plugins

创建GPU-device-plugin资源:

kubectl create -f nvidia-docker-plugin.yml

创建成功之后,在每台GPU机器上会有nvidia-device-plugin-daemonset的资源。

现在所有的准备工作都完成了。让我们来测试GPU能否正常的调度到GPU机器上吧。测试的gpu-pod资源mainfest内容如下:

nvidia-docker2-gpu-pod.yml

apiVersion: v1
kind: Pod
metadata:
  name: cuda-vector-add
spec:
  restartPolicy: OnFailure
  containers:
    - name: cuda-vector-add
      image: "k8s.gcr.io/cuda-vector-add:v0.1"
      resources:
        limits:
          nvidia.com/gpu: 1
  nodeSelector:
    accelerator: nvidia-tesla-k80 # or nvidia-tesla-k80 etc.

根据上面的文件创建资源并进行校验:

kubectl create -f nvidia-docker2-gpu-pod.yml

进入到容器中查看相关的设备及cuda库是否挂载到了容器中,并且验证我们给容器分配的只有一块卡。

namespace

总结

在kubernetes中使用nvidia-docker 1.0的弊端在于,在使用资源对象进行资源创建的时候,需要在配置中将GPU Driver已volume的方式挂载到容器中,这步需要人为的进行干涉。但是使用nvidia-docker 2.0的方式不要在在配置中指定GPU Driver的位置。完全有device plugin来做这件事。方便省事儿。并且kubernetes对外提供了device plugin的接口。也方便各个厂商来对自家的资源实现对k8s的无缝接入。不仅仅是device plugin, kubernetes对容器运行时,也提供了同样的interface的方式,来对外提供对各家运行时的支持。这也就是kubernetes扩展性的强大之处吧。

本文链接:https://www.opsdev.cn/post/nvidia-docker2.html

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